Stephan Bonnar jako zawodowiec zadebiutował w listopadzie 2001 roku. Wygrał wtedy czteroosobowy turniej Ironheart Crown i został mistrzem wagi półciężkiej. Brał też udział w pierwszym sezonie reality show "The Ultimate Fighter". Pokonał w 2004 roku w ćwierćfinale Bobby’ego Southwortha, a w półfinale Mike’a Swicka. Finał miał miejsce w kwietniu 2005. Tam Bonnar przegrał na punkty z Forrestem Griffinem, ale mimo porażki Dana White zaoferował mu kontrakt w UFC.
Bonnar w organizacji UFC stoczył 15 pojedynków. Osiem z nich zakończył wygraną, a siedem przegrał. Podczas swojej kariery mierzył się z takimi zawodnikami jak Jon Jones czy Anderson Silva. Dwukrotnie Amerykanin mierzył się z Krzysztofem Soszyńskim. W lutym 2010 roku przegrał w trzeciej rundzie, ale niecałe pół roku później udanie zrewanżował się Polakowi.
Ostatnią walkę dla UFC stoczył w 2012 roku. Przegrał wtedy w pierwszej rundzie z Andersonem Silvą. Po dwóch latach przerwy podpisał kontrakt z największą konkurencją UFC. Bonnar dla organizacji Bellator stoczył jednak tylko jedną walkę. Przegrał przez decyzję sędziów z Tito Ortizem.
6 lipca 2013 roku został włączony przez Dana White’a do Galerii Sław UFC.
"Stephan Bonnar był jednym z najważniejszych fighterów, którzy rywalizowali w oktagonie" - powiedział prezydent UFC Dana White. „Jego walka z Forrestem Griffinem zmieniła ten sport na zawsze. Nigdy nie zostanie zapomniany. Fani go uwielbiali, utożsamiali się z nim, a on zawsze dawał z siebie wszystko. Będzie go nam brakowało”.
Nieoficjalnie przyczyną śmierci Stephena Bonnara były problemy z sercem. Portal MMAFighting.com przekazał, że "American Psycho" zmarł 22 grudnia.