Juan Muñoz, wychowanek hiszpańskiej Sevilli, zadebiutował w pierwszej drużynie hiszpańskiego klubu w sezonie 2014/2015, występując w niej 12 razy i strzelając dwa gole w dwóch sezonach, w których wygrała Ligę Europy.
Napastnik był następnie wypożyczany do Saragossy, Levante i Almerii, zanim na stałe dołączył do Alcorcón. Spędził również czas w Laganés, z kolejnym wypożyczeniem do Almerii w międzyczasie, zanim dołączył do Zagłębia Lubin w zeszłym sezonie. W polskim klubie Juan Uñoz strzelił pięć goli w 27 meczach. Poza zakończeniu sezonu Hiszpan rozstał się z Miedziowymi po obustronnym skróceniu umowy o rok.
"Bardzo chcę zabrać się do pracy. Dajmy z siebie wszystko, União!" - powiedział napastnik oficjalnym mediom União de Leiria.
Juan Muñoz jest piątym nabytkiem União de Leiria, po Ryanie Guilherme (pomocnik, Fortalezy, Brazylia), Habibie Sylli (prawy obrońca, Chaves), Matheusie Alessandro (napastnik, Portuguesa-RJ, Brazylia) i Crystopherze (pomocnik, Boavista do Rio de Janeiro, Brazylia).