W krótkim oświadczeniu Besiktas potwierdził podpisanie kontraktu z João Mário. Portugalczyk dołączył do stambulskiego klubu na zasadzie wypożyczenia do końca sezonu, z opcją wykupu.
W wieku 31 lat João Mário po raz drugi przenosi się za granicę, obecnie z wartością rynkową szacowaną na 4 mln euro. W 2016 roku opuścił Sporting na rzecz Interu, a następnie grał dla West Hamu i Lokomotivu, zanim wrócił na Estadio Alvalade.
W sezonie 2021/22 dokonał kontrowersyjnej przeprowadzki do Benfiki, po zdobyciu tytułu ligowego z lwami, i ostatecznie rozegrał 149 meczów z orłem na piersi, strzelając 36 bramek i notując 23 asysty.
Zdobył również tytuł w sezonie 2022/23 i pomógł wygrać Superpuchar w następnym roku. W tym sezonie zaczął jako pierwszy środkowy obrońca Rogera Schmidta, ale stopniowo tracił wpływy i był krytykowany przez fanów.